Kendala dalam mengimplementasikan Pendidikan Berbasis Masyarakat menurut Sagala, S 2004 adalah:
- Sistem perencanaan, pengangguran dan pertanggungjawaban keuangan yang dianut pemerintah masih dari atas ke bawah (top down).
- Kurangnya kepercayaan pemerintah terhadap kemampuan atau kekuatan energi masyarakat.
- Sikap Birokrat yang belum mampu membiasakan diri bertindak sebagai pelayan.
- Karakteristik kebutuhan belajar masyarakat yang sangat beragam, sedangkan sistem perencanaan yang dianut masih turun dari atas dan bersifat standar.
- Sikap masyarakat dan juga pola pikir masyarakat dalam memenuhi kebutuhan masih tertuju pada hal-halyang bersifat kebutuhan badani / kebendaan.
- Budaya menunggu pada sebagian besar masyarakat kita.
- Tokoh panutan, yaitu tokoh-tokoh masyarakat yang seyogyanya berperan sebagai panutan sering berperilaku seperti birokrat.
- Lembaga sosial masyarakat (LSM) yang bergerak di bidang pendidikan masih kurang.
